Mercredi, le département américain de l’Agriculture a publié des nouvelles plutôt inquiétantes : une enquête sur les populations de cerfs sauvages a révélé qu’un grand nombre d’animaux semblent avoir été exposés au SRAS-CoV-2, le virus qui cause le COVID-19. La découverte indique qu’il existe une très grande population d’animaux sauvages en Amérique du Nord qui pourrait servir de réservoir pour le virus, même si nous devions contrôler sa circulation au sein de la population humaine.
Pourquoi vérifier les cerfs en premier lieu? Le service d’inspection de la santé animale et végétale de l’USDA étudie une variété d’espèces “pour identifier les espèces qui peuvent servir de réservoirs ou d’hôtes pour le virus, ainsi que pour comprendre l’origine du virus et prédire ses impacts sur la faune et les risques de croisement -transmission d’espèces.” C’est le même groupe qui a identifié la propagation du virus à un vison sauvage en 2020.
En utilisant une population de cerfs en captivité, l’USDA avait déjà déterminé que les cerfs peuvent être infectés par le virus, bien que les animaux ne présentent aucun symptôme. Ainsi, bien que les interactions directes entre les cerfs et les humains soient relativement limitées, vérifier les populations sauvages était logique. L’USDA a contrôlé des populations dans un total de 32 comtés dans quatre États différents, obtenant des échantillons de sang pour rechercher des anticorps spécifiques au SRAS-CoV-2.
Les anticorps étaient assez courants, allant d’un minimum de 7% des échantillons dans l’Illinois à un maximum de 60% dans le Michigan. Au total, un tiers des cerfs testés avaient des anticorps contre le SRAS-CoV-2.
L’USDA a également pris des précautions raisonnables pour s’assurer que les données étaient exactes. Les scientifiques de l’Agence ont testé des échantillons qui existaient avant la pandémie pour confirmer que le taux de faux positifs était faible (il l’était). Les chercheurs ont également effectué des tests d’anticorps en utilisant deux machines différentes pour s’assurer que la conclusion n’était pas due à une sorte de problème matériel (ce n’était pas le cas). Donc, selon toute vraisemblance, un grand nombre de cerfs ont été exposés au virus.
À ce jour, nous avons passé beaucoup de temps à étudier comment le SRAS-CoV-2 se propage, et l’exposition prolongée aux gouttelettes respiratoires est la méthode la plus efficace. Il n’y a pas beaucoup de contextes dans lesquels ce type d’exposition est susceptible de se produire entre les humains et les cerfs sauvages. Il est possible que ces chiffres soient générés par une transmission rare aux cerfs suivie d’une propagation étendue au sein de la population. Ou une autre espèce, peut-être domestiquée, pourrait être porteuse du virus entre les humains et les cerfs.
Comprendre comment la transmission a lieu sera essentiel pour déterminer si l’existence d’un grand réservoir viral chez le cerf constitue une menace pour l’homme. Bien qu’il n’y ait eu aucune indication qu’un humain contracte une infection par un cerf, le virus est si courant dans la population américaine qu’il serait difficile d’exclure la transmission interhumaine comme explication alternative pour tous les cas. Pourtant, si les États-Unis parviennent un jour à contrôler la propagation du virus, il serait judicieux d’être au courant de toutes les voies d’infection alternatives.
Un autre problème est que le virus peut capter des mutations qui l’aident à s’adapter au cerf en tant qu’hôte et s’avérer dangereux pour les humains si le virus revient aux humains. Jusqu’à présent, le seul cas où cela a été étudié avec le SRAS-CoV-2 est une souche qui s’adapte au vison. Ce virus devient moins efficace pour infecter les cellules humaines, mais il évolue également de manière à le rendre moins sensible à la réponse immunitaire générée par les vaccins ou les infections antérieures. Il n’y a bien sûr aucune raison de penser qu’un SARS-CoV-2 adapté aux cerfs suivrait une trajectoire similaire.
Dans tous les cas, ces deux problèmes – la présence d’un réservoir difficile à contrôler et la perspective d’une évolution ultérieure du virus – signifient qu’il sera important de comprendre comment le virus atteint la population de cerfs et s’il se propage entre cerf.